Generaal pardon
Op de eerste werkdag van de Tweede Kamer stemde zij in met een motie van PVDA kamerlid Dijsselbloem. Waarin Rita Verdonk werd verzocht om niet langer asielzoekers uit te zetten die langer dan vijf jaar in Nederland verbleven. Dit in afwachting van een generaal pardon.
Verdonk weigerde dit meerderheidsbesluit uit te voeren, omdat dit volgens haar een beleidswijziging zou zijn en ze besloot slechts tijdelijk de uitzettingen op te schorten. Ondanks felle kritiek van uit het land, bleef het kabinet Verdonk steunen.
Op 12 december 2006 werd er wederom een motie van de Tweede Kamer aangenomen om de tijdelijke stop van de uitzetting te verlengen. Volgens Rita Verdonk zou dit neerkomen op een generaal pardon en zou dit ook voor 200.000 reeds uitgezette asiel zoekers een verblijfsvergunning kunnen opleveren. De Partij voor de Vrijheid en de VVD vroegen aan Verdonk om het kabinetsbeleid uit te voeren en om de wet te handhaven. Mede hierom weigerde Verdonk wederom een motie van de Tweede Kamer waarbij zij de steun van het kabinet kreeg.
13 december 2006 werd er in reactie op het weigeren van Verdonk om de motie van de Tweede Kamer uit te voeren een motie van afkeuring ingediend tegen minister Verdonk. Deze motie werd gesteund door de PVDA, SP, Groenlinks, Christen Unie, D66 en de Partij voor de Dieren. Deze motie van afkeuring was de eerste in de motie tegen een minister van een demissionair kabinet.
Ernst Hirsch Ballin, nam vanaf dit punt het vreemdelingenbeleid van Verdonk over omdat het onmogelijk was een demissionair kabinet te laten vallen.